凍干機箱內真空度高低的設定，可依據凍干樣品的冰塊厚度進行。因為，如果凍干箱內真空度較高，雖然可以促進升華的進行，但對一些冰塊較厚的凍干樣品來說，則需向凍干箱內填充氣體，破壞其真空，形成對流導熱來向制品供熱。否則，由于供熱不足，升華減緩，通過擱板接觸傳導的熱量相對過剩，進而產生凍干樣品崩解或沸騰的現象，影響凍干樣品的外觀質量。

而對于冰塊厚度較小的凍干樣品，由于所需熱量相對較少，可以不依賴于對流傳熱，因而其真空度可高一些，以獲得較快的升華速度，并且對樣品外觀無較大影響。

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